Будучи глубоко религиозным человеком, Александр III особенно заботился о благе церкви. Ближайшим сподвижником его был обер-прокурор синода Константин Петрович Победоносцев (1827-1907), преподававший императору законоведение. За его непримиримую борьбу за русские православные интересы, революционная печать всячески его ругала и обливала грязью.
В царствование императора Александра III были учреждены четыре новые семинарии и четыре новые епархии; духовенство было обеспечено постоянным жалованьем (включая войсковое); были повышены оклады педагогическому персоналу духовноучебных заведений; духовенство стало во главе дела народного образования; были восстановлены многие, прежде закрытые, приходы; увеличилось число общин, монастырей, а также количество церковно-приходских школ.
Созывались съезды епископов, миссионерские, преподавателей церковно-приходских школ. Были заведены миссионерские курсы и учреждены особые кафедры при семинариях по изучению раскола и сектантства.